Фамилия Микалаюнас — классический пример литовской фамилии, образованной по типичной для балтийских языков модели. Её основа — мужское имя Микалаюс, литовский вариант имени Николай (через греческое Нико́лаос). В Литве и соседних регионах это имя было широко распространено благодаря христианской традиции почитания святителя Николая. Суффикс «-юнас» (вариант «-июнас») указывает на происхождение: в литовской антропонимике он означает «сын такого-то» или «потомок». То есть Микалаюнас — буквально «сын Микалаюса» или «из рода Микалаюсов».

Если смотреть на словообразовательную цепочку, то фамилия Микалаюнас стоит в ряду однокоренных литовских фамилий: Микалаускас (с суффиксом «-аускас»), Микалавичюс (с «-явичюс»), а также более простых Микалас и Микалайтис. Все они восходят к одному имени, но различаются суффиксами, которые в разное время и в разных говорах закрепляли фамилии за крестьянскими и мещанскими родами. В отличие от польских или белорусских фамилий на «-ович» или «-ев», литовский суффикс «-юнас» — один из самых архаичных и распространённых в жемайтских и аукштайтских говорах.

Географически фамилия Микалаюнас чаще всего встречается на территории современной Литвы, особенно в северных и центральных районах, а также среди литовской диаспоры в США и Великобритании. В русских документах XIX — начала XX века, когда Литва входила в состав Российской империи, фамилию могли записывать на слух с искажениями: Миколаюнас, Микалаюс, а иногда и русифицировать, добавляя окончание «-ов» (Микалаюнов). Такие варианты встречаются в метрических книгах и переписях, что может затруднить поиск предков.

Социальный контекст фамилии типичен для литовского крестьянства: до середины XIX века многие литовцы не имели постоянных фамилий, а пользовались прозвищами и отчествами. Массовое закрепление фамилий произошло после отмены крепостного права в 1861 году и в ходе административных реформ. Микалаюнас, скорее всего, закрепилась именно тогда — как фамилия семьи, главу которой звали Микалаюс. Никакого иного значения, кроме отчества, у этой фамилии нет: она не связана с ремеслом, прозвищем или природным объектом.

Спорных версий происхождения у Микалаюнас практически нет — лингвистическая картина прозрачна. Единственное, что может сбивать с толку: в некоторых славянских языках имя Микола (Николай) даёт похожие фамилии (Миколенко, Миколайчук), но литовский суффикс «-юнас» не оставляет сомнений в балтийском происхождении.