Фамилия Микшаков образована от личного именования Микшак — так в старину могли называть человека, носившего имя Николай. В народной, обиходной традиции имя Николай (от греческого Николаос, «побеждающий народ») давало множество производных форм: Миколай, Микула, Микша. Последняя форма, Микша, и легла в основу фамилии, а суффикс -ак добавил ей простонародный, «уменьшительно-пренебрежительный» оттенок, характерный для северных и восточных русских говоров. Таким образом, Микшак — это, скорее всего, не самостоятельное имя, а уличное прозвище или обиходная форма крестильного имени, которая закрепилась за человеком в быту.

Подобная модель словообразования встречается у многих русских фамилий: от той же основы Микша возникли Микшин, Микшанов, а параллельные формы от имени Николай дали Никулин, Никольский, Микулин. Суффикс -ак в отчествах и прозвищах указывал на принадлежность к определённой среде: так звали людей попроще, нередко крестьян или посадских, и эта черта прослеживается в фамилиях типа Горячак, Добряк, Рыжак. В случае с Микшаковым мы видим двойное оформление: сначала к основе Микш- добавили -ак, а затем уже от этого прозвища образовали отчество с патронимическим суффиксом -ов. То есть буквально фамилия означает «сын Микшака», а сам Микшак — «маленький Микша» или просто «Микша».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где имя Николай пользовалось особым почитанием и где народные формы имён были особенно живучи. В документах XVII–XVIII веков подобные именования встречаются в переписных книгах Архангельской, Вологодской и Вятской губерний, хотя точных упоминаний именно Микшаковых в этих источниках не сохранилось — фамилия остаётся довольно редкой. Не исключено, что часть носителей фамилии имеет финно-угорские корни: в коми и удмуртском языке имя Микша (Микал) также бытовало как форма Николая, и это могло способствовать закреплению фамилии в Приуралье и на севере.

Спорной версии о том, что основа Микш- связана с тюркским или марийским словом, придерживаться не стоит: фонетически такое сближение возможно, но исторически имя Николай в форме Микша зафиксировано в русских говорах надёжнее. Поэтому наиболее правдоподобным остаётся объяснение через крестильное имя, тем более что фамилия не несёт следов профессионального или прозвищного значения, которое указывало бы на ремесло или черту характера. Предки Микшаковых, судя по модели образования, были крестьянами или посадскими людьми, и их фамилия — типичный пример того, как церковное имя обрастало бытовыми формами и в итоге закреплялось в роду.