Фамилия Макшаков образована от прозвища Макшак. В его основе лежит чувашское слово «макша» — «мордвин», то есть представитель мордовского племени. Скорее всего, предок носителя фамилии либо сам был мордвином по национальности, либо жил среди мордвы — в Поволжье, на территориях современной Мордовии, Чувашии или соседних областей. Такие прозвища по этническому признаку в XVI–XVII веках давали не столько для точного указания национальности, сколько для бытового отличия человека в смешанной среде: «вот тот, который из мордвы». Потомок человека с прозвищем Макшак со временем получил фамилию Макшаков.

Модель образования здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ов присоединился к основе Макшак. Такой суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — «Макшаков», то есть сын или потомок Макшака. В ономастике этот тип называют патронимическим (по отцу или деду). Интересно, что чувашское слово «макша» заимствовано из тюркских языков, где им обозначали мордву. Сами мордва так себя не называли — это внешнее имя, которое дали соседи. Поэтому прозвище Макшак могло появиться именно в чувашской или татарской языковой среде, а потом перейти в русскую фамилию.

Встречается фамилия Макшаков в разных регионах России, но заметно чаще — в Поволжье и на Урале. Это подтверждает связь с историческими местами расселения мордвы и контактными зонами русских, чувашей и татар. В некоторых говорах слово «макша» могло означать не только мордвина, но и просто «инородца» или «человека с тёмными волосами» — но это уже местные переносные значения. Основная, самая надёжная версия остаётся этнической: фамилия Макшаков прямо указывает на мордовские корни предка.