Фамилия Макшанова образована от прозвища или имени предка. Самая прямая версия — от прозвища Мокшан. Оно восходит к названию этнической группы мордвы — мокша. В таком случае прозвище указывало либо на национальную принадлежность человека, либо на его внешнее сходство с представителями этого народа. Мокша — один из двух крупных мордовских этносов, и прозвища по этому признаку были распространены в Поволжье и соседних регионах.

Есть и бытовая версия: мокшаном называли речное судно, ходившее по реке Мокше. Тогда обладателем прозвища мог стать рыбак или судовладелец. Вторая гипотеза — от крестильного имени Мокий (с греческого — «насмешник»), от которого образовалась просторечная форма Макша. Эта версия менее вероятна: суффикс -ан- в «Макшанове» характерен скорее для прозвищных основ, чем для сокращений крестильных имён.

Фамилия построена по стандартной русской модели: основа «Макшан» + суффикс -ов- (в женском роде — -а). Суффикс -ан- в основе указывает на принадлежность к чему-либо (Мокшан — «относящийся к мокше»). Со временем потомок человека с прозвищем Мокшан получил фамилию Макшанов, а его дочь или жена — Макшанова.