Фамилия Макшанкина — редкий пример, где географическая привязка спорит с личным именем, и обе версии имеют право на жизнь. Начнём с самого вероятного корня — реки Мокши, правого притока Оки, и народа мокша (одной из двух основных групп мордвы). В русских говорах выходца с Мокши или представителя мокшан могли прозвать «Макшан» или «Мокшан» — с типичной для диалектов заменой «о» на «а» после шипящего. От этого прозвища через суффикс принадлежности -ин и образовали фамилию: Макшан → Макшанин → Макшанкин (с конечным -к-, характерным для уменьшительных или вторичных форм). Женская форма Макшанкина, соответственно, закрепилась за женой или дочерью Макшанкина.

Вторая версия, менее распространённая, но не лишённая оснований, связывает фамилию с крестильным именем Максим. В народных формах оно нередко сокращалось до Макша (ср. Макша, Макшутка). Если так, то Макшан — это уже производное от Макши, а фамилия оказывается «внучатой»: Макшанкин — потомок Макшана, который был сыном Макши. Такой путь словообразования (двойной суффикс) встречается в русских фамилиях, но для Макшанкина он менее типичен, чем прямая связь с этнонимом или топонимом.

Суффикс -ин однозначно указывает на русскую модель образования: в XVI–XVII веках так называли людей по отцу или по прозвищу, а в женском роде форма на -а закрепилась как стандартная. Сословная принадлежность предков неясна — фамилия не дворянская и не купеческая, скорее всего, крестьянская или мещанская, из регионов, где мордовское население плотно контактировало с русским: Пензенская, Тамбовская, Нижегородская губернии. В этих местах мокшане часто получали прозвища по этническому признаку, и фамилия Макшанкин могла возникнуть как память о предке-мордвине, даже если потомки уже считали себя русскими.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «макшан» могло означать не только жителя по реке, но и человека с характерной внешностью или манерой поведения, которую связывали с мокшанами (например, неспешность, особый говор). Однако это уже домысел — прямых словарных фиксаций такого переносного значения нет.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего Мокшанкин (с сохранением «о») и Макшанцев (с другим суффиксом — -ев/-ов). Встречаемость Макшанкиной в современных базах данных невысока, что подтверждает её локальный характер.