Фамилия Макшакова — женская форма фамилии Макшаков, а та, в свою очередь, образована от прозвища Макшак. Корень этого прозвища ведет в чувашский язык: слово «макша» означает «мордвин», то есть представитель мордовского племени. Скорее всего, предок человека по прозвищу Макшак либо сам был мордвином по национальности, либо жил по соседству с мордовскими селениями, и окружающие выделяли его по этому признаку.

Такие прозвища по этнической принадлежности — распространенное явление в русской ономастике. Соседние народы нередко давали друг другу меткие названия, которые затем закреплялись как семейные имена. В данном случае чувашское слово «макша» стало основой прозвища, а суффикс «-ак» (Макшак) придал ему характерное звучание, типичное для обиходных именований в Поволжье.

Модель образования фамилии проста: к основе прозвища Макшак прибавили типичный русский патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Макшаков). Таким образом, первоначально Макшаков — это сын или потомок Макшака. Фамилия относится к числу относительно редких, что подтверждает её узкую региональную привязку к территории бывшего расселения чувашей и мордвы — современные Чувашия, Мордовия, Татарстан, Нижегородская и Ульяновская области.

В отличие от многих фамилий, где этимология спорна, здесь связь с этнонимом прослеживается прямо и почти не вызывает сомнений. Альтернативные версии — например, связь с диалектным словом «макша» в значении «мокрый» или «вялый» — маловероятны, так как не находят подтверждения в говорах и не объясняют суффиксальную модель.