Фамилия Микшанский — относительно редкая, но её происхождение прослеживается достаточно ясно. В основе лежит географический принцип, типичный для польской и западнорусской модели образования фамилий. Суффикс -ский указывает на дворянский или шляхетский корень, но в Российской империи такие фамилии со временем распространились и среди духовенства, и среди крестьян, особенно после того, как семинаристам массово давали фамилии по названиям сёл и городов.

Корень «Микшан» почти наверняка отсылает к топониму — населённому пункту с похожим названием. На карте Восточной Европы есть несколько сёл и урочищ с основой «Микш» (например, Микшино, Микшанка). Наиболее вероятная привязка — к селу Микшанка (или Микшаны) на территории современной Молдовы или в бывшей Бессарабской губернии. Там издавна жили переселенцы из Речи Посполитой, и фамилии на -ский там не редкость. Другая версия — происхождение от названия реки или ручья Микша, но конкретная гидронимическая основа в этом регионе менее распространена.

Менее вероятна, но возможна версия прозвищного происхождения. В некоторых говорах «микша» могло означать медлительного или неуклюжего человека (от диалектного глагола «микшать» — мешкать, медлить). Однако суффикс -ский почти всегда прикрепляется к географической основе, а не к прозвищу. Если бы фамилия образовалась от личного прозвища, она скорее звучала бы как Микшин или Микшанов.

Таким образом, предок Микшанского, скорее всего, получил фамилию по названию места, где владел землёй или откуда был родом. Это мог быть мелкий шляхтич, однодворец или священник, служивший в селе с корнем «Микш». В документах XIX века фамилия встречается преимущественно в Подольской, Бессарабской и Херсонской губерниях, что подтверждает географическую версию.