Фамилия Микшански звучит как типичная польская или восточноевропейская фамилия, образованная по модели прилагательного с суффиксом -ски/-цки. В польском языке суффикс -ski (-ska для женщин) указывает на принадлежность к месту или роду, примерно как русское -ский. Однако основа «Микшан» неочевидна и требует разбора.

Скорее всего, в основе лежит топоним — название населённого пункта. В Польше и в исторических восточных землях Речи Посполитой (современные Беларусь, Украина, Литва) есть несколько мест с корнем «Микш-» или «Микс-». Например, деревня Микше (Mikše) в Литве или Микшаны (Mikszany) — такое название встречается в исторических документах на территории бывшей Виленской губернии. Фамилию Микшански мог получить шляхтич или крестьянин, владевший землёй или живший в таком месте. Суффикс -ан- в основе (Микшан-) мог возникнуть как вариант польского притяжательного суффикса -анин, указывающего на жителя: «микшанин» → «микшанский». То есть фамилия буквально значит «из Микшан» или «микшанский».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от личного имени или прозвища. В старопольском языке «miksa» означало «мешанина» или «путаница», а «mikszać» — мешать. Прозвище Микша могли дать человеку беспокойному, суетливому или, наоборот, тому, кто смешивал что-то в ремесле (например, при варке пива или в аптекарском деле). Тогда Микшански — потомок Микши, то есть «Микшин». Но эта версия слабее, потому что суффикс -ан- нехарактерен для прямых отчеств: от имени Микша естественнее было бы Микшевич или Микшин.

По сословной принадлежности фамилии на -ски в Польше традиционно считались шляхетскими, но к XIX веку, после разделов Речи Посполитой, такие фамилии активно давали и крестьянам при переходе на постоянные фамилии — часто по названию деревни, откуда человек родом. Поэтому Микшански мог быть как мелким дворянином, так и крестьянином из деревни Микшаны.

В современной России фамилия редкая. Встречается в основном у потомков поляков или белорусов, переселившихся в центральные губернии или Сибирь в конце XIX — начале XX века. Написание с одной «с» (Микшански, а не Микшанский) — это либо упрощение при записи в советских паспортах, либо указание на польское происхождение: в польском языке фамилия пишется Mikszański или Mikszański, но при русификации окончание иногда урезали.