Фамилия Микулис — редкий пример, когда географический и языковой фон важнее разбора корня. Если смотреть на основу, корень «Микул» — это западнославянский или балтийский вариант имени Николай (через греческого Николаоса), где «Микола» перешло в «Микула». В русской традиции это имя дало фамилии Микулин, Микулов, а форма Микулис — явно не великорусская. Суффикс «-ис» в русских фамилиях почти не встречается, зато характерен для латышских, где он указывает на происхождение от отца (патроним) и часто имеет окончание -is — Микулис, Янис, Петерис. То есть носитель фамилии, скорее всего, потомок человека по имени Микулс (латышский вариант Николая), и фамилия закрепилась в Латвии или на приграничных с ней территориях — в бывших Витебской, Ковенской губерниях, а также среди староверов, живших в Прибалтике.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть среди польской или белорусской шляхты через суффикс «-ис» как вариант полонизированного окончания. Однако польские фамилии на -ис встречаются редко, чаще на -ич или -ский. Поэтому основной ареал — Латгалия и восток Латвии, где в XVII–XIX веках смешивались латышские, русские и польские элементы.

Социальный контекст прост: носители фамилии Микулис в XIX веке — преимущественно крестьяне или мещане, редко дворяне. В метрических книгах православных церквей Латвии эта фамилия фиксируется как «Микулис» или «Микулисъ» — с твёрдым знаком на конце, что указывает на адаптацию к русскому письму. В современной России фамилия встречается единично, в основном в Псковской, Смоленской областях и в Санкт-Петербурге — то есть там, куда мигрировали латышские или латгальские семьи после отмены крепостного права и в советское время.

Что касается ударения, в латышском языке оно фиксированное на первом слоге — Ми́кулис. В русском языке часто смещается на второй слог — Мику́лис, под влиянием привычных фамилий на -улин, -улинский. Единственная ономастическая деталь, которая выделяет эту фамилию среди сотен других: она почти не имеет однокоренных «двойников» в русском ономастиконе. Микулин есть, Микулов есть, а Микулис — это маркер конкретного региона и языкового контакта, где славянское имя «обросло» балтийским суффиксом.