Фамилия Миличкина — женская форма, а её мужской вариант — Миличкин. Если смотреть на словообразовательную модель, то перед нами типичная русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Миличкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Миличка. В основе лежит не каноническое имя, а скорее прозвище или уменьшительная форма от имени.

Самая вероятная версия: основа «Милич» восходит к имени Милий. В святцах есть мужское имя Милий (от латинского «miles» — воин, солдат). В народной среде его переделывали в более привычные формы: Мила, Миля, Милич. Суффикс -ич в русских именах часто означал «сын такого-то» (как в фамилиях на -ич), но здесь он мог закрепиться как основа для дальнейшего уменьшительного суффикса -к-. Получается цепочка: Милий → Милич → Миличка («маленький Милий» или «сын Милия»). Затем к этому прозвищу добавили притяжательный суффикс -ин, и вышла фамилия Миличкин.

Менее вероятно, но возможно, что корень связан с глаголом «миловать» или прилагательным «милый». В таком случае Миличка — это ласкательное прозвище для любимого человека, ребёнка. Однако в ономастике предпочтение отдают версии с именем Милий, поскольку она объясняет необычный суффикс -ич, который редко встречается в чисто прозвищных фамилиях.

Фамилия редкая. Географически её следы ведут в центральные и южные области России, где бытовали старые русские имена. По сословной принадлежности предки Миличкиных могли быть крестьянами или мещанами — фамилии на -ин в этой среде были обычным делом. Интересно, что окончание -а в женском варианте (Миличкина) не меняет ударение: оно падает на второй слог — МилИчкина.