Фамилия Милиходин — один из тех редких случаев, когда основа фамилии читается почти как иностранное слово, но на деле имеет вполне русскую природу. При поверхностном взгляде может показаться, что в основе лежит имя Милиход, однако это не так. Фамилия образована от прозвища или неканонического имени Милиход, которое, в свою очередь, является сложным словом, составленным из двух корней: «мил-» (от «милый») и «-ход» (от «ходить»). Буквально такое имя-прозвище можно понять как «милый ходок» — то есть человек, который ходит приятно, плавно, или, в переносном смысле, тот, кто умеет ладить с людьми, «находить подход».

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Милиходин — «сын Милихода» или «из семьи Милихода». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный. Поскольку в основе лежит не церковное, а мирское имя, фамилия могла возникнуть в крестьянской или посадской среде, где такие составные прозвища были не редкостью. В дореволюционных документах подобные имена встречаются в северных и центральных губерниях России, но именно Милиходин — случай очень редкий.

Есть и другая, менее вероятная версия: что фамилия восходит к греческому имени Милиход (от греч. «мели» — мёд и «ходос» — путь, то есть «медовый путь»). Однако для русского быта такое прямое заимствование маловероятно, и первое объяснение — от славянского сложения корней — выглядит гораздо естественнее.

Фамилия не имеет отношения к слову «милиция» или каким-либо западноевропейским именам. Это чисто русское образование, которое в XIX веке могло писаться и как Милиходов (под влиянием более распространённой модели на -ов), но форма на -ин закрепилась именно в тех семьях, где предка звали Милихода. Встретить её сегодня можно лишь у единичных носителей, в основном в Поволжье и на Урале, куда в своё время переселялись крестьяне из центральных регионов.