Фамилия Милишкевич отчетливо звучит по-белорусски: суффикс «-евич» указывает на отчество, которое застыло в роли фамилии, и отвечает на вопрос «чей ты будешь?» — то есть «сын Милишки». Сама основа, Милишка, — это старинное мирское имя или прозвище, и здесь открывается простор для толкований.

Самое прямое объяснение лежит на поверхности: в основе лежит прилагательное «милый» в значении «любезный, приятный, симпатичный». Так могли прозвать человека добродушного, отзывчивого, кроткого или же того, кто выделялся привлекательной внешностью. Но у этого имени есть и второй, более трогательный смысл: Милишкой нередко называли долгожданного, желанного, вымоленного ребенка. В крестьянской среде такие ласковые внутрисемейные имена легко становились уличными прозвищами, а затем передавались детям уже как фамилия.

Есть и третья версия, уводящая в церковный календарь. Имя Милишка могли воспринимать как производную форму от канонического имени Милий. В переводе с греческого оно означает «яблоневый, яблочный» либо указывает на область Милия в Малой Азии. Православная традиция знает двух покровителей этого имени: праведного Милия Песнопевца, память которого приходится на 21 мая, и священномученика Милия, епископа Персидского, чей день отмечают 23 ноября. Впрочем, эта гипотеза менее вероятна для простонародной среды: крестьяне редко брали за основу полное церковное имя, обычно они сокращали его до ласкательной формы, которая и закреплялась в обиходе.

География фамилии подтверждает белорусский след. В документах встречаются носители, родившиеся в Кличевском районе Бобруйского округа: в Книге памяти Томской области упомянут Эдуард Блажевич Милишкевич, 1914 года рождения, из села Ольчина-Дубровка, а в белорусских источниках — Гвидон Францевич Милишкевич, 1907 года рождения, из деревни Язы. Оба случая показывают, что фамилия бытовала в одних и тех же местах на востоке современной Беларуси, а позже разошлась по свету вместе с потомками.

Интересно, что суффикс «-евич» в белорусской традиции не был признаком знатности, как в великорусских фамилиях на «-ович» у дворянства. Здесь он выполнял обычную функцию отчества: Милишкевич — это буквально «Милишкин сын». Такая модель образования типична для шляхетских и крестьянских фамилий Беларуси, где личное имя отца становилось основой для всей семьи.