Фамилия Милонов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Милонов послужило имя Милон. Скорее всего, имя Милон восходит к греческому слову «мил» - «яблоневый, яблочный» или «из Милии (область Малой Азии)». Это имя носил знаменитый кротонский атлет, победитель на олимпийских играх, носивший быка, а также римский трибун, один из вождей сенатской партии в Риме, убивший демагога Клодия. Согласно другой версии, имя Милон связано со славянским словом «милый» - «любимый, дорогой». Возможно, так назвали долгожданного ребенка в семье. Одно из первых упоминаний этого имени в письменных источниках относится к первой половине XVII века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упоминается Милон Алексеевич, 1613 г., Алатырь. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Милон, со временем получил фамилию Милонов. О точном месте и времени возникновения фамилии Милонов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Милонов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.