Фамилия Милотин — яркий пример того, как прозвище или мирское имя человека превратилось в родовое имя. Её основа — слово «милый», но не в современном романтическом значении, а в древнерусском, где «милый» означало «любимый», «дорогой», «близкий сердцу». От этого корня образовалось множество уменьшительно-ласкательных форм: Миля, Мило, Милота, Милотя. Человек, которого звали Милота или Милотя, мог быть любимцем в семье, желанным ребёнком или просто добрым, приятным в общении человеком.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин, а не более распространённый -ов. В русской ономастике суффикс -ин обычно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я. То есть фамилия Милотин означает «чей?» — «сын Милоты» или «человек из семьи Милоты». Это указывает на то, что родовое имя закрепилось в форме притяжательного прилагательного от личного имени или прозвища Милота. Встречается и вариант Милотин с ударением на второй слог, что характерно для некоторых южнорусских говоров.

В историческом контексте фамилия Милотин не принадлежала к аристократическим родам. Чаще всего её носили крестьяне, посадские люди и однодворцы. В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания о крестьянах Милотиных в центральных и южных губерниях России, например, в Тульской и Орловской. Географическая привязка фамилии довольно широкая, но с заметной концентрацией в бывших вотчинах и поместьях средней полосы.

Редкий аспект, который отличает эту фамилию от более популярных однокоренных (Милов, Милютин, Милаев), — это именно суффикс -ин. Он делает фамилию более «домашней», патронимической, и лишний раз подчёркивает, что в основе лежало не прозвище по занятию или внешности, а именно личное, почти ласкательное имя. Таким образом, предок современного Милотина был, скорее всего, «Милотиным сыном» — то есть потомком человека, которого в своей среде называли просто и тепло: Милота.