Фамилия Милотина — одна из тех, где сразу бросается в глаза суффикс. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я (Милотин, Сорокин, Пушкин). Но здесь — МилотинА, с ударным окончанием. Такая модель характерна для фамилий, возникших из прозвищ или имён в форме притяжательного прилагательного женского рода: «чей? — Милотин». То есть предок мог быть сыном женщины по прозвищу Милота, либо сама женщина носила такое прозвище и передала его детям (редкий случай матрилинейной фамилии). Впрочем, чаще всего фамилия закреплялась за мужчиной, но в форме женского рода из-за особенностей местного говора или документирования.

Основа — «милота». В древнерусском языке слово «милота» означало не столько внешнюю привлекательность, сколько душевное качество: милость, жалость, сострадание. В диалектах (особенно северных и сибирских) «милота» — это ласковое обращение к человеку, синоним «милый», «дорогой». Прозвище Милота могли дать доброму, мягкому по характеру человеку, либо тому, кто часто употреблял это слово в речи. Встречается и другая версия: от канонического имени Мил (сокращение от Милий или Милован) с суффиксом -ота, как в фамилиях Доброта, Красота.

Географически фамилия Милотина редкая, но встречается в основном в центральных областях России (Тверская, Ярославская, Московская губернии), а также в Поволжье. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии записаны в основном как крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это указывает на простонародное происхождение, от бытового прозвища или мирского имени.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «милота» имело иронический оттенок — так могли назвать чересчур ласкового или даже льстивого человека. Поэтому не исключено, что фамилия могла закрепиться за кем-то, кто «миловался» перед начальством или любил лесть. Но основная версия всё же связана с положительной характеристикой: добрый, жалостливый, милый сердцу человек.