Фамилия Миндагареев — редкий пример тюркско-арабского сращения, где личное имя стало родовым прозвищем. В основе лежит мужское имя Миндагар, которое, в свою очередь, составное: первая часть «мин» восходит к тюркскому «бен»/«мен» — «родинка, родимое пятно» (в именах часто символизировало метку судьбы или знак избранности), а вторая — «дагар» — это искажённое арабское «тагари» или «тагир» — «чистый, непорочный». Таким образом, Миндагар буквально означал «чистый, как родинка» или «отмеченный чистотой» — имя-оберег с пожеланием безгрешности.

Суффикс -ев указывает на русскую модель патронимической фамилии, но не на славянское происхождение. Он оформился в среде татарской, башкирской или казахской знати, которая в XIX — начале XX века при переходе к оседлости и получении документов русифицировала окончания. В отличие от фамилий на -ов, суффикс -ев здесь стоит после мягкого согласного «р», что типично для адаптации восточных имён: например, Биктемиров, Ахметгареев. Если бы имя звучало как Миндагар, фамилия писалась бы Миндагаров, но через «е» закрепился вариант Миндагареев — возможно, из-за диалектного произношения или ошибки писаря.

Географически фамилия тяготеет к Южному Уралу и Зауралью — районам расселения башкир, татар-мишарей и казахов. Встречается в Челябинской, Оренбургской, Курганской областях и Башкортостане. Родственные однокоренные фамилии — Миндагаров, Миндагалиев, Миндагазиев — все образованы от того же корня с разными вторыми компонентами. Носители фамилии Миндагареев, скорее всего, потомки служилых татар или башкирских вотчинников, которые в XVIII–XIX веках несли сторожевую службу на границах Российской империи и получали земельные наделы за верность.

Сложность в том, что имя Миндагар не фиксируется в классических арабских или персидских именословах — это именно местная, региональная форма, возникшая на стыке языков. В современных документах фамилия иногда встречается с двойным «е» на конце (Миндагареев), но в редких метрических записях XIX века можно найти вариант Миндагарев — с утратой одного слога. Оба написания имеют право на существование, но современный стандарт закрепил более полную форму.