Фамилия Минигафарова — женская форма от Минигафаров, а та, в свою очередь, — типичный для татарской и башкирской ономастики патроним, образованный от личного имени Минигафар. Само имя составное, арабского происхождения: первая часть «мини» восходит к «мин» — «из, от», а вторая — «гафар» (от арабского «гафур») означает «всепрощающий», один из эпитетов Аллаха. Таким образом, имя Минигафар можно перевести как «из числа всепрощающих» или «относящийся к прощающему». В мусульманской традиции такие имена с частицей «мин» подчёркивают принадлежность человека к божественному качеству или его связь с Всевышним.

Суффикс «-ов» (в женском варианте «-ова») — русский по происхождению, но массово закрепился в фамилиях тюркских народов в XIX–XX веках, когда при документальном оформлении к мусульманским именам добавляли стандартный русский патронимический формант. Поэтому фамилия Минигафарова — не исконно славянская, а результат адаптации татарского или башкирского имени через русское делопроизводство. Встречаются также варианты Минигафаров, Минегафарова (с заменой «и» на «е»), что связано с особенностями произношения в разных диалектах.

Географически фамилия наиболее распространена в Республике Татарстан, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически компактно проживают татары и башкиры. Предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а имя Минигафар давалось мальчику в честь деда или по религиозной традиции. Фамилия не относится к дворянским, но и не редкая: по данным на начало XXI века, в России насчитывается несколько тысяч человек с фамилией Минигафаровы.

Отдельного внимания заслуживает ударение: в татарском языке оно падает на последний слог — Минигафаро́ва, но в русской среде часто смещается на третий — Минига́фарова. Оба варианта допустимы, хотя первый ближе к исходному произношению.