Фамилия Минихаматов встречается редко, и её происхождение уходит корнями в татаро-башкирскую или казахскую среду. В основе лежит арабское имя Хамат (или Хамит), которое восходит к имени пророка Мухаммада. В тюркских языках имя часто видоизменялось: Хамат, Ахмат, Хамит. Первая часть «Мини» — это притяжательная форма от «мин» («я», «мой» в татарском и башкирском). Таким образом, «Минихамат» буквально переводится как «мой Хамат» или «мой Хамит». Это типичная для тюркских народов модель образования личного имени с ласкательным или уважительным оттенком, когда к имени добавляется местоимение «минеке» (мой).

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который присоединялся к тюркским именам при оформлении фамилий в XIX веке. Это указывает на то, что предки носителя фамилии жили на территории, где проводилась русификация документов (например, в Оренбургской, Уфимской или Казанской губерниях). Без суффикса форма «Минихамат» могла бы остаться прозвищем или отчеством.

Вероятно, родоначальником фамилии был человек по имени Минихамат. В мусульманских семьях такое имя давали в честь деда или уважаемого родственника, подчёркивая родство. Встречаются и варианты написания: Минихаметов, Миниахматов. Разница в последнем слоге (хамат vs хамят) связана с диалектным произношением: в некоторых тюркских говорах конечное «т» переходит в «т» или «д» (хамат — хамит).

Сословно фамилия не указывает на дворянство или духовенство. Скорее всего, предки были крестьянами, казаками или мелкими торговцами. В метрических книгах конца XIX века такие фамилии встречаются у тептярей и башкир. Географически фамилия сегодня чаще всего фиксируется в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области и в среде татарской диаспоры в Средней Азии.