Фамилия Минлиханова — женская форма мужской фамилии Минлиханов, и её происхождение напрямую связано с тюркским миром, а точнее — с башкирской и татарской традициями имянаречения. Основа фамилии — личное имя Минлихан, которое составное. Первая часть, «Минли» (или «Минле»), восходит к тюркскому слову со значением «родинка», «родимое пятно». В народной культуре родинка считалась счастливой приметой, поэтому «Минли» в имени осмыслялось как «имеющий родинку», то есть отмеченный удачей, счастливый. Вторая часть, «хан», — титул верховного правителя, который в составе личных имён у тюркских народов служил пожеланием знатности, силы и власти.

Таким образом, имя Минлихан буквально означало «счастливый хан» или «хан с родинкой», а фамилия, образованная от него по русской модели с суффиксом -ов, указывала на принадлежность к роду человека с таким именем. Суффикс -ов характерен для русской фамильной системы, которую активно заимствовали народы Поволжья и Приуралья в XVIII–XIX веках, когда составлялись ревизские сказки и переписи. Поэтому Минлихановы — это потомки некоего Минлихана, жившего, скорее всего, на территории современного Башкортостана или Татарстана.

Интересная деталь: в башкирском языке существует параллельная форма — Минлехан, и фамилии с основой «Минле» встречаются не реже. Написание через «и» (Минлиханова) — результат адаптации к русской орфографии, где безударный гласный звук часто передаётся буквой «и». Если смотреть по историческим документам, то фамилия Минлиханов (и её женская форма) распространена в южных и западных районах Башкортостана, а также среди казанских татар. Встречаемость её невысокая — это не массовая фамилия, а скорее родовая, что говорит о том, что предки, вероятно, не принадлежали к многочисленному крестьянскому сословию, а были либо служилыми людьми, либо имели устойчивое родовое гнездо.

С точки зрения словообразования, фамилия Минлиханова стоит в ряду таких же составных тюркских фамилий, как, например, Баймухаметов или Исламгулова. В них первая часть — пожелание или характеристика, вторая — имя или титул. Никакой альтернативной версии происхождения от русского или финно-угорского корня у этой фамилии нет — она однозначно тюркская, и её смысл прозрачен для носителей башкирского или татарского языка.