Фамилия Минлиханов — одна из тех, где корень не славянский, а тюркский, причём с прозрачной религиозной подоплёкой. В основе лежит арабское имя Минлихан, которое в тюркской среде (особенно у башкир и татар) приобрело форму Минлехан или Минлихан. Первая часть «минли» восходит к тюркскому «мн» — родинка, родимое пятно. В именах этот корень часто означал «отмеченный», «счастливый», «носящий знак судьбы». Вторая часть — «хан» — титул правителя, но в составе имён он давно потерял властный смысл и стал просто уважительным компонентом, как «господин» или «владыка». Получается: «отмеченный счастьем господин» или «хан с родинкой».

Фамилию образовали по русской патронимической модели: к основе Минлихан добавили суффикс -ов, что буквально значит «сын Минлихана». Это стандартный способ русификации тюркских имён в XIX — начале XX века, когда татары и башкиры получали фамилии при переписях или в документах. Встречается вариант Минлеханов — он ближе к башкирскому произношению, где гласный в первом слоге звучит как «э». Оба написания корректны, но форма через «и» (Минлиханов) чаще фиксируется в метрических книгах и современных записях.

Географически фамилия плотнее всего сидит в Татарстане, Башкортостане и соседних областях — Оренбургской, Челябинской. Встречается и у казахов, но реже, потому что у них патроним обычно образуется без русского суффикса. Носители Минлихановых — потомки людей, носивших имя Минлихан. Сословно это чаще всего были крестьяне или торговцы, реже муллы: имя с религиозным оттенком давали не только знати.

Спорных версий у фамилии почти нет. Прозрачность корня не оставляет места для фантазий: это не прозвище по ремеслу и не топоним. Единственное, что может сбить с толку — попытка искать в «минли» монгольские или китайские корни, но это ошибка: слово тюркское, и его значение «родинка» надёжно зафиксировано в диалектах.