Фамилия Минииханов — яркий пример тюрко-татарского именования, прошедшего через русскую словообразовательную модель. Её основа — составное мужское имя Миниха́н, где первая часть «мини» восходит к арабскому «му’мин» — «верующий, правоверный», а вторая «хан» — тюркский титул, обозначающий правителя, владыку. Таким образом, имя Минихан означает «верующий правитель» или «правоверный хан». Подобные двусоставные имена с компонентом «хан» (Муртазахан, Абдулхан, Гайнутхан) широко бытовали у татар и башкир, подчёркивая благородство и религиозную принадлежность носителя.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе Минихан добавили патронимический суффикс -ов, который в русском языке указывал на принадлежность («чей?» — Миниханов, то есть сын Минихана). В татарской среде фамилии на -ов/-ев стали массово закрепляться после введения всеобщей паспортизации в XIX веке, когда русская администрация записывала мусульман по отчеству, превращая его в наследственную фамилию. Интересно, что в разговорной татарской речи имя могло звучать как Минехан, с редукцией гласного, но письменная фиксация сохранила полную форму «Минихан».

Географически фамилия Минииханов чаще всего встречается в Татарстане и Башкортостане, а также среди татарских диаспор в других регионах России. Это не редкая, но и не массовая фамилия: в отличие от более распространённых «ханов» (например, Ибрагимхановых), она сохраняет специфический корень «мини», который может указывать на исходное имя с религиозным оттенком.

Родственными по основе можно считать фамилии Миниханов, Минеханов, а также более редкие варианты без суффикса — Минихан (если фамилию записали без окончания). Встречается также написание с одной «и» — Миниханов, но форма Минииханов с двойным «и» на стыке корня точнее передаёт исходное имя. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или торговцами из волжско-уральского региона, а само имя Минихан могло даваться в честь уважаемого религиозного деятеля или старейшины рода.