Фамилия Минлин — один из тех случаев, когда внешне простая основа скрывает неочевидное происхождение. На слух она звучит как типичная фамилия с суффиксом -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — Минлин, то есть сын или потомок Минлы. Но проблема в том, что имени или прозвища Минла в русских святцах и в древнерусской антропонимии нет. Это некалендарное, скорее всего, прозвищное имя, но от какого корня оно образовано — главный вопрос.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В тюркском корень «мин» имеет несколько значений: «тысяча» (например, в татарском, башкирском, казахском), а также «родинка» или «знак». В составе сложных личных имён у тюркских народов «мин» часто встречается как первый компонент со значением «тысяча» — в смысле «множество», «великое число». Второй компонент «лин» мог быть искажением тюркского «иль» (страна, народ) или «лин» как часть арабского имени (например, Лин — мягкость, кротость). Таким образом, Минлин могло быть составным тюркским именем вроде «Тысяча народов» или «Великий народ», которое при русификации получило фамильный суффикс -ин.

Есть и другая, менее распространённая гипотеза. В некоторых говорах русского Севера и Сибири слово «минля» или «минла» могло означать «мямля», «нерешительный человек» — от глагола «минуть» в значении «медлить». Но эта версия слабая: такая диалектная лексика почти не зафиксирована, и фамилия Минлин встречается в регионах, где сильны тюркские влияния — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье. География бытования фамилии (по данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС) подтверждает связь с тюркским ареалом.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что в ней суффикс -ин присоединён не к русскому имени или прозвищу, а к иноязычной основе, которая не адаптировалась в русском языке как самостоятельное слово. Это типично для фамилий крещёных татар, башкир, чувашей и других народов, перешедших в православие в XVI–XIX веках: их тюркские имена просто «обрусевали» добавлением русского патронимического суффикса. В этом смысле Минлин стоит в одном ряду с фамилиями типа Ахметов, Ишмуратов, Тимирязев — но с той разницей, что её основа не так прозрачна и не имеет очевидного аналога в современных языках.

Сведений о дворянском происхождении или принадлежности к определённому сословию по фамилии Минлин нет. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были государственными или помещичьими крестьянами, возможно, служилыми татарами, которые после крещения получали фамилии по отцовскому имени. Встречаемость фамилии невысокая, что также говорит в пользу её локального, а не массового происхождения.