Фамилия Минлигалин происходит от имени Минлигали — варианта более древнего имени Минлегали. Разница между ними на письме невелика, но в татарской среде такие формы часто сосуществовали, и закрепиться в роду могла любая из них. В основе лежит татарское нарицательное «минле», то есть «тот, кто имеет родинку». Вторая часть имени восходит к арабскому прилагательному «гали» — «великий, высокопоставленный, сильный». В арабской традиции слово «гали» — один из эпитетов Аллаха, поэтому имя звучало как пожелание ребенку высоты положения и силы, а целиком его можно трактовать как «могущественный человек с родинкой».

Вероятно, так нарекали младенца, у которого была крупная родинка на видном месте — примета, которую у многих народов считали знаком судьбы. Но родители могли вкладывать в имя и второй смысл: надеясь, что сын вырастет уважаемым и добьется высокого положения в обществе. Оба прочтения не противоречат друг другу: имя соединяло внешнюю примету с пожеланием будущего успеха.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе Минлигали добавили русский патронимический суффикс -ин, который в тюркских фамилиях указывает на принадлежность потомку. То есть Минлигалин — буквально «сын Минлигали». Такая форма характерна для татарских фамилий, которые оформлялись уже в русскоязычной среде в XVII–XIX веках, когда у татар начали массово фиксировать фамилии по отцу.

Однокоренные фамилии — Миннегалиев, Мингалиев, Мингалеев — встречаются у татар и башкир, и все они восходят к тому же имени с разными фонетическими вариантами. В случае Минлигалина обращает на себя внимание сохранение второго «л» в середине — это указывает на более полную, книжную форму имени, которую могли записывать грамотные муллы или писарь при переписи.

Сословной принадлежности первых носителей фамилии мы точно не знаем. Среди татарских фамилий на -ин много крестьянских и торговых, но имя с эпитетом Аллаха встречалось в самых разных слоях — от сельских имамов до купцов. Известных исторических деятелей с фамилией Минлигалин в открытых источниках не зафиксировано, поэтому говорить о конкретном знатном роде нельзя. Скорее всего, фамилия возникла в среде обычных татарских семей и закрепилась локально, в Поволжье или Приуралье, где такие имена были особенно распространены.