Фамилия Минлигалеев образована от арабского имени Минлигалей, которое в свою очередь состоит из двух частей: «минли» (с тюркским «мин» — «родинка») и «галей» (арабское «гали» — «высокий», «дорогой»). В тюркской традиции родинка считалась особым знаком, поэтому имя можно перевести как «отмеченный родинкой, высокий» или «дорогой, как родинка». Сложносоставные имена с компонентом «минли» (Минлебай, Минлегали) были распространены у башкир и татар, особенно в дореволюционный период, когда родинке приписывали магическое значение — она якобы защищала от сглаза.

Фамилия Минлигалеев — типичная патронимическая модель на -ев, указывающая на потомка человека по имени Минлигалей. Суффикс -ев в тюркских фамилиях встречается реже, чем -ов, но в татарской и башкирской среде он закономерен, если основа имени заканчивается на мягкий согласный или «й». В данном случае конечный звук «й» в основе Минлигалей при присоединении суффикса переходит в «е», поэтому мы видим Минлигалеев, а не Минлигалиев.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием башкир и татар — Башкортостан, Татарстан, Оренбургская и Челябинская области. Встречается она и среди мишарей. Поскольку имя Минлигалей было популярно в XVIII–XIX веках, фамилия могла закрепиться за представителями разных сословий: от мулл и купцов до крестьян. Однако в письменных источниках, например в ревизских сказках, она фиксируется не так часто, как более массовые фамилии на -ов, что делает её относительно редкой даже на фоне других тюркских фамилий.

С точки зрения словообразования интересно, что вторая часть «галей» родственна имени Гали (Галей) — одному из самых распространённых мусульманских имён, восходящему к арабскому «али» («высокий», «возвышенный»). Так что Минлигалеев буквально — «потомок того, у кого родинка и кто высок». В быту фамилию могли сокращать до Минлигаев, но официальная форма с двумя «е» сохраняет исходную структуру.