Фамилия Миннахматов — это отчество, образованное от восточного мужского имени Миннеахмат. Произошло оно по классической для русских фамилий модели: к полной форме имени добавили русский патронимический суффикс -ов. Получилось буквально «сын Миннеахмата». Такой способ словообразования типичен для фамилий тюркских и мусульманских народов, которые веками жили в тесном соседстве с русскими, — татар, башкир, мишарей.

Имя Миннеахмат составное, двуосновное. Первая часть — арабская Минле (Минне) — означает «с родинкой, имеющий родинку». Вторая — тоже арабская, Ахмат (вариант имени Ахмад) — переводится как «самый знаменитый, известный, прославленный, достойный похвалы». Если ребенок рождался с родинкой, ему часто давали имя с компонентом Минле (Минне). Считалось, что родинка — это особый знак, отметина, и имя должно было эту особенность подчеркнуть. Полное имя Миннеахмат можно истолковать как «прославленный, отмеченный родинкой» — сочетание внешней приметы и высокой похвалы в одном имени.

Само имя Ахмат в мусульманском мире очень древнее и почитаемое. Оно восходит к одному из эпитетов пророка Мухаммада. На русских землях это имя известно с давних пор: еще под 1283 годом в летописях упоминается бесермянин (очевидно, мусульманин-булгарин) Ахмат, откупивший баскачество на Курской земле. Это одно из ранних свидетельств того, как носители восточных имен появлялись в русском административном и бытовом обиходе.

Встречаются разные написания фамилии: Миннахматов, Миннеахматов, Минниахматов. Это объясняется тем, что в татарском языке гласные в первом слоге произносятся мягко и редуцированно, поэтому при записи на русский язык их передавали по-разному. Наиболее частотная форма — Миннахматов, именно она закрепилась в документах большинства семей.

По сути, фамилия Миннахматов — это семейный маркер, указывающий на имя основателя рода. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были волжскими татарами или башкирами, принявшими русскую модель фамильного именования в XIX веке, когда у этих народов массово закреплялись наследственные фамилии.