Фамилия Минюшкин образована от уменьшительной формы крестильного имени Михаил — Минюшка. В переводе с греческого Михаил означает «подобный Богу». Покровителем имени считается Архангел Михаил — один из высших ангелов, который в Священном Писании назван «князем» и «вождем воинства Господня». Его изображают главным борцом против дьявола и всякого беззакония среди людей. Потомок человека с именем Минюшка со временем получил фамилию Минюшкин.

Минюшка — одна из многих народных форм, которые возникали в бытовом общении вокруг церковного имени. Подобные варианты — Минька, Миня, Минюха — давали начало целым семействам фамилий: Миньков, Миняев, Минюхин. Минюшкин стоит в этом ряду особняком: суффикс -ушк- в основе указывает на ласкательное, домашнее обращение. Такие формы чаще звучали в северных и центральных русских говорах, где уменьшительные имена с этим суффиксом были особенно употребительны.

Сама фамилия закрепилась по классической модели: к основе Минюшк- добавили притяжательный суффикс -ин, который отвечал на вопрос «чей?». Первоначально Минюшкин означало «сын Минюшки», и лишь позже стало передаваться как неизменяемое родовое имя.

Интересно, что имя Михаил долго оставалось одним из самых частых на Руси, поэтому и производных от него фамилий много. Но Минюшкин встречается заметно реже, чем, скажем, Михайлов или Мишин. Это говорит о том, что прозвище Минюшка не получило повсеместного распространения, а бытовало в отдельных местностях и семьях. В архивных записях носители фамилии встречаются с XVII века, преимущественно среди крестьян и посадских людей.

Правописание фамилии устойчиво: с буквой «ю» в корне и одной «н» перед суффиксом. Встречающийся изредка вариант Минюшкинн — ошибка, возникшая под влиянием фамилий с двойной согласной, но к исторической основе отношения не имеет.