Скорее всего, фамилия Манюшкин образована от просторечной формы распространенного женского имени Мария – Маша, Манюшка. В переводе с древнееврейского оно означает «любимая, желанная», «госпожа». Менее вероятно, что Манюшка — это производная форма имени Эммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». По другой версии, в основе фамилии Манюшкин лежит не имя, а прозвище Манюшка, этимологически связанное со славянским глаголом «манить» - «звать посулами», «дразнить, обманывать», «ждать, дожидаться» или «мешкать, медлить». Таким образом, это прозвище могло указывать на особенности характера или поведения предка. В результате, потомок женщины, обладающей именем Манюшка, со временем получил фамилию Манюшкин.