Фамилия Манюшкин принадлежит к числу русских фамилий, образованных от женского имени. Чаще всего такую фамилию давали детям, росшим без отца или в семье, где мать играла главную роль. Основа здесь — просторечная форма имени Мария: Маша, Манечка, Манюшка. Само имя Мария в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная» или «госпожа», так что фамилия несёт отпечаток уважения к матери-родоначальнице.

Менее вероятная, но существующая версия связывает Манюшку с именем Эммануил — «с нами Бог» (также древнееврейское). В русской традиции это имя давали редко, но его уменьшительные формы могли звучать как Маня или Манюшка. Однако для фамилии Манюшкин эта гипотеза слабее: суффикс -ин указывает на принадлежность к женщине, а Эммануил — мужское имя.

Есть и третий вариант: в основе не имя, а прозвище Манюшка от глагола «манить». Слово многозначное: «звать посулами», «дразнить, обманывать», а также «ждать» или «мешкать, медлить». Такое прозвище мог получить человек с характером — неспешный, задумчивый или, наоборот, хитроватый. Но в быту прозвища от глагола «манить» чаще закреплялись за мужчинами, а фамилия Манюшкин, по словообразованию, отсылает к женщине. Поэтому первая версия — от имени Мария — выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, географически не привязана к одной области: встречается и в центральных регионах России, и на Урале, и в Сибири, куда переселенцы принесли её в XIX веке. Сословных ограничений у неё не было: Манюшкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и купцами. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с устойчивым окончанием -ин, без вариантов, что говорит о её давней устоявшейся форме.