Фамилия Манюшкина — женская форма, а мужская, Манюшкин, образована по самой частотной русской модели: от основы прозвища или имени плюс суффикс притяжательности -ин. В этом случае притяжательный суффикс указывает на принадлежность «сын (или потомок) такого-то». Основа здесь — Манюшка.

Сразу заметим: корень здесь не «мания» и не «мальчик». Манюшка — это уменьшительно-ласкательная форма от нескольких крестильных имён. Чаще всего от Матвей (через ряд стяжений: Матвей → Матюша → Манюша), реже — от Мануил (устаревшее греческое имя, означающее «с нами Бог»). В русской народной традиции имя Матвей было очень распространено, и его производные дали множество фамилий: Матвеев, Матюшин, Матюшкин, а также Маношкин и Манюшкин.

Интересно, что фамилия Манюшкин встречается в основном в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где имя Матвей было в ходу у крестьян. Там же фиксируется и фамилия Манюков — однокоренная, но с другим суффиксом. В южных регионах она редка.

Есть и вторая, менее вероятная версия: от прозвища Манюшка, которое могло означать «маленький», «крошечный» (от диалектного «маненький» — маленький). В говорах слово «маня» или «манька» иногда означало нечто малое или ласковое обращение к ребёнку. Однако в контексте фамилий чаще срабатывает первая, антропонимическая версия: от канонического имени через народную форму.

Сословно фамилия Манюшкин — крестьянская, реже мещанская. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. В ревизских сказках XVIII–XIX веков Манюшкины чаще всего числятся государственными или помещичьими крестьянами на севере и в центре России.

Таким образом, если вы Манюшкина, ваш предок по мужской линии, скорее всего, звался в быту Манюшкой, и это была ласковая форма имени Матвей. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носители живут компактно в определённых регионах, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска.