Фамилия Манюшкин относится к метронимическим — то есть образованным от женского имени. В крестьянской среде, где женщина часто вела хозяйство и воспитывала детей, фамилию могли дать по матери, особенно если отец умер или отсутствовал. Самая вероятная основа здесь — просторечная форма имени Мария: Маша, Манюшка. В переводе с древнееврейского Мария означает «любимая, желанная», «госпожа». Эта версия самая правдоподобная, потому что имя Мария было одним из самых частых на Руси, а уменьшительных форм от него — десятки: Маня, Манюня, Манюшка.

Менее вероятно, что Манюшка — производная от имени Эммануил («с нами Бог»). Это мужское имя, и фамилии от него обычно образовывались с другим суффиксом (Эммануилов), а женская форма встречалась редко, в основном в монашеской среде.

Есть и третья версия — от прозвища Манюшка, связанного с глаголом «манить». В славянских говорах у этого слова несколько значений: «звать посулами», «дразнить, обманывать», «ждать, дожидаться» или «мешкать, медлить». Прозвище могло указывать на характер — медлительного человека или того, кто любил обещать, но не выполнял.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манюшкин буквально значит «сын Манюшки». Такая модель — одна из древнейших в русской ономастике, она фиксирует прямую связь с матерью или бабушкой, что редкость для фамилий, возникших после XV века. Обычно метронимические фамилии давали детям, чей отец был неизвестен или умер, либо если мать была более заметной фигурой в общине.

Фамилия встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях, где имя Мария в форме Манюшка было распространено в крестьянской среде. Встречаются варианты написания: Манюшкин и Манюшкины (множественное число, указывающее на целый род).