Фамилия Малюшкины — одна из тех, что образована не от крестильного, а от мирского имени. В её основе лежит имя или прозвище Малюшка, а оно, в свою очередь, восходит к прилагательному «маленький». Скорее всего, так называли младшего ребёнка в семье, и это имя закреплялось за ним на всю жизнь, вытесняя церковное. Возможна и вторая версия: прозвище Малюшка могли дать взрослому человеку невысокого, миниатюрного телосложения — в среде, где рост и стать имели значение, такая примета быстро становилась постоянной кличкой.

Обратим внимание на суффикс. Фамилия Малюшкин, а во множественном числе — Малюшкины, образована по продуктивной модели с суффиксом -ин. В русской ономастике этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Малюшкин, то есть сын, потомок Малюшки. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных землях Руси, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге и востоке. Поэтому, хотя точное место возникновения фамилии не установлено, её форма косвенно указывает на более вероятное происхождение из районов Новгорода, Пскова или Верхнего Поволжья.

Известный носитель фамилии — Александр Борисович Малюшкин, современный писатель и составитель учебников. Однако в целом фамилия не относится к числу массовых, что говорит о её относительно поздней фиксации или о локальном бытовании в пределах одной-двух губерний. Сравните с однокоренными Малков, Малов, Малютин — у них разная суффиксальная история, но общий корень, связанный с малым ростом или возрастом. Фамилия Малюшкин — один из вариантов, где исходное имя сохранило уменьшительно-ласкательный оттенок.