Фамилия Малашкины — типичный пример русской фамилии, образованной от имени. В её основе лежит разговорная форма канонического имени Малахий, которое переводится с древнееврейского как «посланник Божий». Церковное имя Малахий в народной среде звучало по-разному: Малафей, Малахей, Малаха, а уменьшительные формы дошли до Малаши и Малашки. Именно от последней, Малашка, и пошла фамилия Малашкин (а во множественном числе — Малашкины).

Модель образования здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. В русской традиции фамилии на -ин обычно означали «чей?» — сын Малашки, потомок человека с таким именем или прозвищем. Такая словообразовательная схема была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, где «чейный» вопрос решался именно через -ин, а не через -ов/-ев.

Сложно сказать, в какой именно местности фамилия закрепилась первой. Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, и Малашкины могли появиться и в крестьянской среде, и среди посадских людей. Имя Малахий, хоть и библейское, не было редким в святцах, а его просторечные варианты активно бытовали вплоть до XIX века.

По сути, фамилия Малашкины — это живое напоминание о том, как книжное, церковное имя обрастало бытовыми формами, а затем превращалось в родовое прозвание. Никакой другой, не связанной с именем, версии происхождения у этой фамилии нет — корень здесь однозначно антропонимический.