Фамилия Малашковы — один из примеров того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в качестве родового прозвания. Её основа — каноническое мужское имя Малахий. В русской и украинской традиции это имя давали в честь библейского пророка Малахии, автора последней книги Ветхого Завета.

Фамилию образовали не напрямую от полной церковной формы, а от её уменьшительно-обиходного варианта — Малашко. Такое переоформление имён на -ко (Малашко, Ивашко, Петрушко) было особенно характерно для украинских и южнорусских земель в XV–XVII веках. Суффикс -ко придавал имени оттенок ласкательности или принадлежности к младшему поколению. Позже, по модели русских фамилий, к основе Малашко добавили патронимический суффикс -ов, который отвечал на вопрос «чей?»: Малашков — сын Малашка.

Таким образом, Малашковы — это потомки человека по имени Малашко, которое в свою очередь восходит к библейскому Малахию. Встречаются и однокоренные фамилии, образованные от других вариантов того же имени: Малахов, Малаховский, Малашевский, Малашонков. Разница в написании и окончании объясняется местными говорами и тем, в какой среде — крестьянской, казачьей или мещанской — фамилия оформилась.

Точное место и время появления фамилии Малашковы установить сложно: процесс становления фамилий на восточнославянских землях растянулся на несколько столетий. Однако сама словообразовательная модель — имя на -ко плюс суффикс -ов — указывает на то, что фамилия закрепилась не раньше XVII века, когда такие формы стали массово переходить из прозвищ в наследственные фамилии.