Фамилия Малашкин образована от разговорной формы канонического мужского имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий». Имя Малахий давалось в честь библейского пророка, автора одноимённой книги Ветхого Завета. В русской народной среде это имя, как и многие другие церковные имена, обросло уменьшительными и обиходными вариантами: Малафей, Малахей, Малаха, Малаша и, наконец, Малашка. Именно от последней формы — Малашка — через стандартную модель притяжательного суффикса -ин и возникла фамилия Малашкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Малашки». Это типичная русская фамилия, образованная от просторечного варианта крестильного имени, что говорит о её происхождении в среде крестьян или посадских людей, где полное церковное имя звучало слишком книжно.

По своему словообразовательному типу Малашкин стоит в одном ряду с фамилиями Малахов, Малафеев, Малашов — все они восходят к разным народным формам того же имени Малахий. Однако суффикс -ин, а не -ов, часто указывает на более раннюю фиксацию или на принадлежность к северным и центральным говорам, где форма на -ин была особенно распространена. Встречается также вариант Малашков, но он редок и мог возникнуть через другую уменьшительную форму — Малашко.

Искать какую-то особую географию у фамилии Малашкин не приходится: она разбросана по разным регионам России, но не относится к числу частых. В дореволюционных переписях носители фамилии фиксировались в Тульской, Рязанской и Нижегородской губерниях — в зоне традиционного бытования «окающих» говоров, где имя Малахий легко превращалось в Малашку. Фамилия не дворянская и не купеческая: её носители — потомки тех самых Малашек, что пахали землю или служили в церковном причте. Примечательно, что имя Малахий в народе иногда сближали со словом «малый», что давало дополнительные прозвищные коннотации, но для фамилии ключевым остаётся именно именная основа.