Фамилия Малашкис — одна из тех, что выбивается из привычного ряда русских фамильных моделей. Её окончание -ис сразу выдаёт нерусское происхождение: это типичный балтийский след, скорее всего литовский или латышский. В Литве и Латвии фамилии с суффиксом -ис (или -ас, -ус) образуют огромный пласт, и Малашкис — характерный пример литуанизированной или полонизированной формы.

Основа фамилии — корень «Малаш-». Он восходит к крестильному имени Малахия (от древнееврейского «вестник Божий») или к его народной, уменьшительной форме Малаша. В белорусских и польских говорах имя Малахия нередко сокращалось до Малаш, отсюда же пошли фамилии Малаш, Малашев, Малашкевич. Вариант Малашкис — это та же основа, но адаптированная под литовскую грамматику: к ней добавили типичное литовское окончание, обозначающее принадлежность или происхождение.

Таким образом, предок носителя фамилии Малашкис, вероятно, был выходцем из земель Великого княжества Литовского (современные Беларусь, Литва, восточная Польша), где православные и католические имена свободно переходили в литовские фамильные формы. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на отца (чей сын?), литовская модель на -ис чаще означала «сын такого-то» или просто «такой-то человек». Социальный статус предка мог быть разным: от крестьянина до мелкого шляхтича, но фамилия не содержит прямых указаний на ремесло или сословие.

Встречается Малашкис преимущественно в Литве, а также среди потомков литовских переселенцев в России и странах Балтии. В русском контексте фамилия остаётся редкой и экзотической, но её корень — общеславянский, связанный с библейским именем, что делает её понятной для любого, кто знаком с традицией именования.