Фамилия Малашкина образована от просторечной формы канонического имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий». В русской народной среде имя обросло обиходными вариантами: Малафей, Малахей, Малаха, а также уменьшительными Малаша и Малашка. Именно последняя форма — Малашка — и стала основой фамилии, закрепившись через суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Малашкин, то есть сын или потомок Малашки).

По модели образования фамилия характерна для северных и центральных регионов России, где патронимический суффикс -ин активно присоединялся к основам на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давались по полной форме имени или по прозвищу, Малашкина прямо указывает на домашнее, бытовое имя предка. Это позволяет предположить, что основатель рода был человеком из простого сословия — крестьянином или посадским, где в обиходе редко использовали полное церковное имя.

Стоит отметить, что имя Малахий никогда не было широко распространённым, а его разговорная форма Малашка встречалась в основном в отдельных местностях. Поэтому фамилия Малашкина — довольно редкая. Её носительницы, скорее всего, происходят из семей, где имя передавалось по традиции или было дано в честь святого Малахии, почитаемого в православии. С течением времени фамилия закрепилась в женской форме, хотя исторически она принадлежала мужчине по прозвищу Малашка.