Фамилия Малушкины образована от личного имени или прозвища Малушка. В старину так называли самого младшего ребёнка в семье — «малушку», то есть маленького. Подобные внутрисемейные имена (Малец, Малюта, Малыш) были широко распространены в славянской среде и нередко закреплялись за человеком на всю жизнь, независимо от его реального роста или возраста в зрелые годы. Таким образом, основа фамилии — не столько описание внешности, сколько указание на порядок рождения: младший сын или дочка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малушкин буквально означает «сын Малушки» или «из семьи Малушки». Это типичная русская патронимическая модель, характерная для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а, -я.

Вторая версия, менее вероятная, связывает прозвище Малушка напрямую с невысоким ростом. Однако в быту прозвища по физическому признаку чаще имели более резкие или шутливые формы (Коротыш, Малышок), тогда как уменьшительное Малушка почти всегда было ласковым обращением к младшему ребёнку.

Фамилия Малушкин встречается в разных регионах России, но особенно часто — в центральных и северных областях, где традиция мирских имён сохранялась дольше. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким именем, что говорит о демократичном происхождении фамилии: она не была дворянской или сословно привилегированной.

Точное время возникновения фамилии Малушкины установить сложно — как и для большинства русских фамилий, она закрепилась в разных ветвях рода независимо друг от друга. Ясно одно: её корень — в древней славянской традиции давать ребёнку «домашнее» имя по возрасту, и эта традиция оставила яркий след в русском ономастиконе.