Фамилия Малушка — редкий пример, где прозвище или мирское имя перешло в фамилию почти без изменений, сохранив уменьшительно-ласкательный суффикс. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, Малушка не обросла дополнительными патронимическими окончаниями. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в тех регионах, где семейные прозвища часто становились официальными фамилиями без переоформления — например, на западе или юге России, а также в Беларуси и на Украине.

Основа фамилии — корень «мал-», который в древнерусских мирских именах указывал на младшего ребёнка в семье. Мальца, Малушу, Малютину так называли не столько за рост, сколько за возраст и положение: младший сын или дочь, «малый» по старшинству. Со временем это детское имя могло закрепиться за взрослым человеком, а затем перейти к его детям уже как фамилия.

Версия о прозвище по невысокому росту тоже имеет право на существование, но в славянской антропонимии прозвища с суффиксом -ушк- чаще давали детям или молодым людям, а не взрослым мужчинам. Поэтому правдоподобнее выглядит именно гипотеза о мирском имени: ребёнка ласково называли Малушкой, и это имя «приросло» к роду.

Модель фамилии — чистая основа без суффикса принадлежности. Такие фамилии (Малушка, Малыш, Мальчик) встречаются реже, чем патронимы на -ов, но они старше по происхождению и часто указывают на более раннюю фиксацию прозвища. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи описываются как «окаменевшие» формы древних имён или прозвищ, не подвергшиеся позднейшей унификации.