Фамилия Малушенко образована по типичной для украинской и южнорусской ономастики модели: к основе «Малуш-» добавили суффикс «-енко». Этот суффикс изначально имел значение «сын» или «потомок», то есть Малушенко — буквально «сын Малуши». Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине и на юге России в XVI–XVIII веках, что даёт первую географическую привязку фамилии.

Основа «Малуш-» восходит к прозвищу или мирскому имени Малуша. В старину на Руси и в Украине было принято давать детям некалендарные, «домашние» имена, часто по внешним признакам. Малуша — это «маленький», «малыш». Так могли назвать самого младшего ребёнка в семье, низкорослого или просто ласково. Имя Малуша встречается в древнерусских источниках: например, Малуша — ключница княгини Ольги и мать князя Владимира Святославича. Правда, прямой связи с этой исторической личностью фамилия не имеет, но пример показывает, что имя было употребительным.

Есть и другая версия: прозвище Малуша могло указывать на невысокий рост взрослого человека. В среде крестьян и ремесленников прозвища по росту давали часто, и они легко закреплялись за родом. В любом случае, корень «мал-» здесь бесспорен.

С течением времени прозвище Малуша, которое изначально давалось одному человеку, перешло к его детям по принципу «чей сын?» — Малушенко. Так личное прозвище стало родовым именем. Фамилия не указывает на знатное происхождение: её носителями были, скорее всего, крестьяне, казаки или мещане. Встречается Малушенко преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных регионах России, куда переселялись украинские семьи в XVII–XIX веках.

Фамилия Малушенко — не единственная в этом ряду. Однокоренные варианты — Малушко, Малухин, Малушкин, Малюта — все они отталкиваются от того же корня «мал-». Но суффикс «-енко» однозначно указывает на украинскую или украино-русскую среду происхождения.