Фамилия Мачуженко относится к украинской модели семейных именований и напрямую связана с прозвищем Мачуга. Её основу образует суффикс -енко, который в украинском языке традиционно указывал на сына или потомка: Мачуженко — буквально «сын Мачуги». Такая модель была широко распространена на Левобережной Украине и в Запорожье в XVII–XVIII веках, где фамилии на -енко становились наследственными и закреплялись за целыми родами.

Само прозвище Мачуга, от которого пошла фамилия, имеет несколько версий происхождения. Наиболее вероятная связывает его с нарицательным «мачуха» — так в украинском языке и в некоторых русских диалектах называли мачеху, неродную мать. В этом случае прозвище Мачуга мог получить человек, воспитанный мачехой, либо тот, кто жил в семье с отчимом или мачехой и нёс на себе отпечаток этого положения. В переносном смысле слово «мачуха» означало «нечто безжалостное», поэтому не исключено, что прозвище закрепилось за человеком строгим, суровым, даже жёстким по характеру — так могли говорить о требовательном отце или прижимистом хозяине.

Существует и вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование: Мачуга могла быть производной формой имени Матвей, которое в переводе с древнееврейского означает «дар Божий». В украинской народной традиции имена нередко сокращали и переделывали на свой лад, и форма Мачуга вполне могла возникнуть как ласкательное или обиходное обращение к Матвею. Однако эта гипотеза уступает первой по убедительности: слишком уж прямая смысловая связь прослеживается между прозвищем и словом «мачуха», тогда как фонетический переход от Матвея к Мачуге требует дополнительных допущений.

Как бы то ни было, прозвище Мачуга, изначально присоединённое к наследственному имени, со временем полностью заменило его — сначала в повседневном общении, а затем и в официальных документах. Крестьянские и казацкие семьи часто не имели устойчивых фамилий до ревизий XVIII века, и прозвища становились основой для будущих родовых именований. Так сын Мачуги превратился в Мачуженко, и это имя закрепилось за его потомками.

Интересно, что фамилия Мачуженко сохранила в себе редкий для современного уха корень: слово «мачуха» сегодня воспринимается скорее как литературное или диалектное, тогда как в разговорной речи чаще звучит «мачеха». Это делает фамилию своеобразным языковым артефактом, который донёс до нас старую украинскую лексику в её живом, народном виде. Носители фамилии встречаются преимущественно в Украине, особенно в центральных и восточных областях, что согласуется с ареалом распространения фамилий на -енко.