Фамилия Мальчуженко — яркий пример украинской модели образования фамилий. Её основа — слово «мальчуга», которое в украинском и южнорусских говорах обозначает мальчика, подростка или парня. Суффикс -енко — типичный украинский патронимический суффикс, указывающий на происхождение: «сын Мальчуги» или «потомок того, кого звали Мальчугой».

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных форм крестильных имён, украинские фамилии на -енко активно использовали прозвища. Мальчуга — не имя, а прозвище, которое могли дать молодому, неженатому мужчине, или же, наоборот, человеку, который долго сохранял юношескую внешность и поведение. В некоторых говорах «мальчуга» могло иметь оттенок «слуга» или «помощник», но основное значение — возрастное.

Географически фамилия Мальчуженко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, особенно к Полтавщине, Черкащине и Слобожанщине. Именно в этих регионах в XVII–XVIII веках массово формировались фамилии на -енко, часто фиксировавшиеся в реестрах казацких полков. Носитель фамилии мог быть потомком казака или крестьянина, чьё прозвище закрепилось за родом.

Интересно, что фамилия Мальчуженко сохранила редкий суффиксальный вариант. Более распространённые однокоренные фамилии — Мальченко, Мальчук, Мальчиков. Вариант на -уж- (Мальчуженко) встречается реже и говорит о том, что исходное прозвище было именно «мальчуга», а не «мальчик» или «мальчонка». В документах XIX века можно встретить написание «Мальчуженков», что отражает попытку русификации фамилии путём добавления русского суффикса -ов.

По сословной принадлежности предки Мальчуженко, скорее всего, относились к казачеству или государственным крестьянам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для украинских фамилий на -енко — они были массовыми и демократичными.