Основой фамилии Мальчукова послужило мирское имя Мальчук. Мальчук (Малец) — старинное редкое мирское имя того же корня, что прилагательное «малый». В прошлом в больших семьях ребенка (как правило, самого младшего на данный момент) часто называли просто Малой, Малец, Малей, Мальчук. Также Мальчуком могли называть человека маленького роста, с детскими чертами лица. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мальчук, со временем получил фамилию Мальчукова.