Фамилия Мальчукова — женская форма от Мальчуков, а та, в свою очередь, образована от мирского имени или прозвища Мальчук. В старину на Руси это было редкое, но понятное каждому имя того же корня, что и слово «малый». В больших крестьянских семьях младшего сына, самого маленького на тот момент, часто не мудрствуя называли Малой, Малец, Малей или Мальчук. Позже так могли прозвать и взрослого человека, если он был низкорослым или сохранял юношеские, детские черты лица.

Суффикс -ук (-чук) в основе Мальчук типичен для украинского, белорусского и южнорусского именослова. Он придаёт слову значение «маленький» или «сын»: Мальчук — буквально «малыш» или «сын Мала». В русской фамилии к этой основе добавился стандартный патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мальчуков, то есть потомок Мальчука.

Таким образом, предки носительницы фамилии Мальчукова — человек по имени или прозвищу Мальчук. Он мог быть младшим в семье, невысоким ростом или просто обладателем старинного мирского имени, которое в быту вытеснило крестильное. Фамилия закрепилась в тех регионах, где была распространена модель на -ук/-чук: в основном на украинских и белорусских землях, а также в южных областях России.