Фамилия Малько — один из тех случаев, когда на первый взгляд очевидное объяснение оказывается не единственным, но самым убедительным. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Малько, которое напрямую связано с прилагательным «малый». Чаще всего такое имя давали либо ребёнку, либо человеку невысокого роста. В старину имена от этого корня — Малец, Малюта, Малыш, Малява — были очень распространены, и Малько стоит в том же ряду. Со временем, когда носитель имени взрослел, прозвище не исчезало, а закреплялось за ним и его потомками уже как фамилия.

Менее вероятна версия, выводящая фамилию из татарского «малик» — «след, следы по снегу или по песку». Если принять эту гипотезу, предок Малько мог быть охотником, выслеживающим зверя. Однако эта версия слабее: во-первых, она не объясняет типично славянский суффикс -к-о, который в украинской, белорусской и южнорусской традиции образует как раз уменьшительные имена (как Малько, Ивашко, Петрусько), а во-вторых, семантический переход от «следа» к личному прозвищу менее естественен, чем от «маленького».

Самый известный носитель фамилии — Николай Андреевич Малько (1883—1961), русский советский дирижёр. Он преподавал в Московской консерватории в 1918—1925 годах, затем в Ленинградской, а в 1929 году покинул СССР. Работал приглашённым дирижёром в Вене, Праге, Копенгагене, Лондоне, а с 1940 года жил в Чикаго, руководил коллективами «второго эшелона» и преподавал в колледже Миллс в Калифорнии. Позже он возглавлял симфонический оркестр Сиднея — его судьба, как и фамилия, уходит корнями в простое прозвище, но выводит далеко за пределы родной земли.