Фамилия Мальинов — редкий случай, когда написание расходится с привычным слухом. Скорее всего, вы ищете именно этот вариант, а не более распространённую фамилию Малинов. Разница в одной букве — «ь» — меняет историю.

Если перед нами Мальинов, а не Малинов, то корень здесь не «малина» (ягода), а «маль» или «малья». В русских говорах «малья» — это мелкая рыба, малёк, а также переносно — нечто мелкое, незначительное, ребёнок. Человек мог получить прозвище Малья за маленький рост, щуплое телосложение или за то, что был младшим в семье. Суффикс «-инов» указывает на принадлежность: «чей?» — Мальинов, то есть сын или потомок Мальи. Такая модель образования (основа на -я + -инов) встречается реже, чем стандартное -ов/-ев, но вполне закономерна: ср. Зимин, Дёмин, но здесь мягкий знак сохраняет мягкость согласного.

Версия с «малиной» маловероятна. Фамилия Малинов (без мягкого знака) широко распространена и образована от ягоды или от названия цвета. Если бы предок был связан с малиной, фамилия писалась бы именно так. Мальинов же — это либо диалектное прозвище, либо результат окающего произношения, закреплённого на письме. В некоторых регионах, особенно на севере и в Сибири, «малина» могла звучать как «малья», но тогда фамилия всё равно тяготела бы к форме Малинов.

Географически фамилия Мальинов крайне редка. В архивных записях и современных справочниках она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной или нескольких соседних деревнях. Носители такой фамилии — скорее всего, потомки одного человека по прозвищу Малья, который выделялся среди односельчан внешностью или положением. Сословного барьера тут нет: прозвище могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и даже священнику, но в крестьянской среде такие «домашние» имена были особенно распространены.

Таким образом, Мальинов — это не ошибка письма, а самостоятельная фамилия с прозрачной, хоть и неочевидной, этимологией: от прозвища «малья» — маленький, мелкий, младший.