Фамилия Малушин происходит от имени или прозвища Малуша, в основе которого лежит прилагательное «малый» — то есть «маленький». В древнерусском быту такие имена были мирскими, нецерковными: маленького ребёнка в семье часто называли Мальцом, Малютой, Малышом или Малушей. Прозвище закреплялось за человеком на всю жизнь, независимо от того, какого роста он достиг в зрелом возрасте, и уже от этого имени образовывалась фамилия с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Малушин, то есть сын или потомок Малуши.

Самое известное упоминание этого имени в русской истории — Малуша, младшая из двух жён великого князя киевского Святослава Игоревича. Она была дочерью Малка (или Мальца) из города Любеча, служила ключницей у княгини Ольги и родила Святославу сына — будущего князя Владимира, крестившего Русь. Её родным братом считается Добрыня (в былинах — Добрыня Никитич), знаменитый воевода и богатырь. Таким образом, фамилия Малушин может восходить к этому историческому имени, хотя, конечно, у большинства носителей фамилии предки были простыми людьми, а не княжеского рода.

Есть и другое объяснение: прозвище Малуша могли дать человеку невысокого роста, и тогда фамилия прямо указывает на внешнюю особенность предка. Обе версии не противоречат друг другу, так как имя и прозвище в ту эпоху часто совпадали. Сама словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа на -а или -я даёт суффикс -ин (сравните: Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин). Фамилия Малушин не относится к числу очень распространённых, но встречается в разных регионах России, что говорит о её давнем бытовании.