Фамилия Малушкина образована от прозвища или мирского имени Малушка. В основе лежит корень «мал-», указывающий на маленький рост или младший возраст. В крестьянском быту младшего ребёнка в семье часто называли Мальцом, Малютой или Малушкой, и это внутрисемейное прозвище могло закрепиться за человеком на всю жизнь, а затем перейти в фамилию.

Словообразовательная модель проста: к основе Малуш- добавлен патронимический суффикс -ин, характерный для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. Форма Малушкина — женская, исходная мужская — Малушкин.

Первая версия: Малушка — прозвище по внешнему признаку, то есть невысокий человек. Вторая, не менее правдоподобная: Малушка — мирское имя, данное младшему ребёнку. В старину такие имена были распространены наравне с крестильными и нередко вытесняли их в быту. Обе гипотезы сходятся в одном: фамилия напрямую связана с понятием «малый», «маленький».

Фамилия Малушкин встречается в центральных и северных областях России, где были сильны традиции мирских имён. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Малушка, но массовые записи фамилий начались позже. Сравните с однокоренными фамилиями: Малов, Малышев, Малютин — все они образованы от той же основы, но разными суффиксами. Малушкин стоит в одном ряду с Малюткиным и Малухиным.

Таким образом, фамилия Малушкина — не случайный набор звуков, а прямое указание на то, что предок носителя был либо самым младшим в семье, либо человеком невысокого роста. Других распространённых версий, например связи с географическим названием или профессией, у этой фамилии нет.