Фамилия Малушкин образована от личного имени или прозвища Малушка. В основе — корень «мал-», указывающий на маленький рост или младший возраст. В старых русских семьях самого младшего ребёнка часто называли Мальцом, Малютой, Малышом или просто Малушкой. Такое внутрисемейное прозвище прирастало к человеку на всю жизнь, независимо от того, какого роста он достиг в зрелости. Позже отчество от этого имени превратилось в фамилию: Малушкин — «чей?» — «сын Малушки».

Есть и второй вариант: прозвище Малушка могли дать невысокому взрослому человеку по внешнему признаку. В русских говорах «малуха», «малушка» означало не только ребёнка, но и вообще человека маленького роста. В этом случае фамилия фиксирует не возрастную, а физическую характеристику предка.

Модель образования типична для Северной и Центральной России: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я (Малушка → Малушкин). Такие фамилии чаще встречались в крестьянской среде, где мирские имена и прозвища были основным способом идентификации человека вплоть до XIX века. Среди однокоренных фамилий — Малов, Малыхин, Малютин, Мальцев. Малушкин стоит в этом ряду как вариант, образованный от уменьшительно-ласкательной формы с суффиксом -ушк-.