Фамилия Малушко образована от прозвища или нецерковного имени, которое давали в семье самому младшему или маленькому ребенку. Малыша в быту называли ласково: Малец, Малюта, Малыш или Малушка. Это имя могло закрепиться за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал, и со временем перешло в фамилию.

Словообразовательная модель фамилии — украинская или белорусская. Суффикс -ко типичен для этих регионов: он указывает на принадлежность или родство (ср. Шевченко, Коваленко). В русской традиции чаще встречаются фамилии на -ов (Малушков), а форма на -ко выдает юго-западное происхождение — с территории современной Украины или Беларуси.

По второй версии, прозвище Малушко могло указывать не на возраст, а на внешность — невысокий рост. В старину такие прозвища давали без насмешки, просто как отличительный признак. Обе гипотезы не противоречат друг другу: в основе лежит корень мал- (маленький), а разница лишь в том, на что именно обращали внимание — на детство или на рост.

В документах фамилия встречается с XVII–XVIII веков, преимущественно в реестрах казацкой старшины и крестьянских переписях Левобережной Украины. Сравните с однокоренными фамилиями: Малюта, Малыш, Малец, Малкин — все они образованы от того же корня, но разными суффиксами. Малушко стоит в этом ряду как ласкательная форма, что сближает её с украинскими фамилиями на -ушк-о (Иванушко, Петрушко).