Фамилия Малуша — яркий пример того, как имя или прозвище, данное в детстве, могло закрепиться за человеком на всю жизнь и перейти к его потомкам. В её основе лежит корень «мал-», который сразу указывает на значение «маленький». В старину в русских семьях самого младшего, последнего ребёнка часто не называли полным именем, а ласково или пренебрежительно величали Мальцом, Малютой или Малушей. Это мирское имя, то есть нецерковное, бытовало в обиходе наравне с крестильным. Даже когда «малыш» вырастал, детское прозвище могло остаться с ним навсегда, став основой для фамилии.

По другой версии, прозвище Малуша могли дать взрослому человеку за невысокий рост. В этом случае фамилия указывает на особенность внешности предка, а не на его возраст в семье. Обе гипотезы сходятся в одном: словообразовательная модель проста и прозрачна — основа «мал-» плюс суффикс «-уш-», характерный для уменьшительно-ласкательных форм имён (сравните: Ванюша, Петруша). В итоговой фамилии этот суффикс застыл, и она склоняется как существительное женского рода, что нередко встречается среди древних русских фамилий, образованных от прозвищ без добавления патронимических суффиксов -ов/-ев или -ин.

Любопытно, что имя Малуша известно по древнерусским летописям: так звали ключницу княгини Ольги и мать князя Владимира Святославича. Однако прямая связь между летописной Малушей и современной фамилией маловероятна — скорее всего, фамилия возникла независимо в разных крестьянских и посадских семьях, где ребёнка или низкорослого взрослого называли этим словом. Встречается она преимущественно в западных и южных регионах России, а также на Украине и в Белоруссии, что говорит о её общеславянском происхождении.