Фамилия Мануша — редкий случай, когда у имени-основы есть две совершенно разные и по-своему убедительные версии происхождения. Первая выводит её из уменьшительной формы имени Иммануил («с нами Бог»). Иммануил — имя библейское, но в крестьянской и мещанской среде его часто сокращали до обиходных вариантов вроде Мануша. Если принять эту версию, основатель рода был человеком простого сословия, носившим церковное имя в бытовом, «домашнем» звучании.

Вторая версия — прозвищная, от слова «манить». В старых говорах «манить» означало не только «обманывать посулами», но и «подзывать, дразнить», а также «медлить, мешкать». Прозвище Мануша могли дать охотнику, который мастерски подманивал зверя. Такое занятие требовало терпения и особого навыка — не каждый умел подражать голосу птицы или зверя. В этом случае фамилия несёт в себе не имя, а ремесло или характерную черту предка.

Морфологически фамилия стоит особняком: она не имеет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский). Форма Мануша — это чистая основа, что характерно для украинской или южнорусской традиции фиксации прозвищ. В украинском языке такие фамилии на -а (Мануша, Мануйло) встречаются чаще, чем в северных регионах. Поэтому географически фамилия, скорее всего, привязана к югу России или Украине.

Обе версии не противоречат друг другу: имя Иммануил могло со временем осмысляться как прозвище, или наоборот — прозвище Мануша случайно совпало с уменьшительной формой имени. Выбор между ними зависит от того, что исследователь сочтёт более вероятным для конкретной местности. Но важно одно: фамилия Мануша не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням — её основа славянская, библейская или диалектная.