Фамилия Манушаков — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а восточное, с явным армянским следом. Если коротко: это русифицированная версия армянской фамилии Манушакян или Манушаков, которую переделали под русскую модель на -ов. Встречается она в основном у потомков армян, живших на Кавказе или в южных регионах Российской империи, где пересекались языковые традиции.

Корень «Манушак» — это армянское женское имя. В переводе с армянского «манушак» (մանուշակ) означает «фиалка». В ономастике это типичная картина: имя цветка становится личным именем, а от него — фамилией. То есть Манушаков в исходном смысле — «потомок той, кого звали Фиалкой». Фамилия образована по армянской модели с суффиксом -ян (Манушакян), но при попадании в русскую среду её переоформили: заменили армянский патронимический суффикс на русский -ов. Такая замена — обычное дело для XIX — начала XX века, когда армян записывали в метрические книги на русский лад.

Встречается и написание «Манушаков» с ударением на второй или третий слог — это зависит от местного говора. С точки зрения словообразования, фамилия стоит в ряду таких же «цветочных» армянских фамилий, как Варданян (от «вард» — роза) или Шушанян (от лилии). Отличие Манушаковых — в том, что фиалка в армянской культуре не просто цветок, а символ скромности и весны, поэтому имя было популярным.

Социальный состав носителей фамилии — в основном ремесленники, торговцы или крестьяне из армянских общин Грузии, Нахичевани-на-Дону или Краснодарского края. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России Манушаковы встречаются редко, но фамилия устойчиво сохраняется у потомков тех, кто не сменил её на более привычный русский вариант.